Σύμφωνα με τα άρθρα 59, παράγρ. 1 και 2 και 62, παράγρ. 1 του Ν. 3421/2005: «Όσοι αρνούνται να εκπληρώσουν στρατιωτικές υποχρεώσεις επικαλούμενοι θρησκευτικές ή ιδεολογικές πεποιθήσεις μπορεί να αναγνωρίζονται ως αντιρρησίες συνείδησης […],
η υπαγωγή γίνεται με απόφαση ΥΠΕΘΑ ύστερα από γνωμοδότηση ειδικής επιτροπής που εξετάζει τη συνδρομή των προϋποθέσεων αναγνώρισης των ενδιαφερομένων ως αντιρρησιών είτε μέσα από τα δικαιολογητικά είτε αυτοπροσώπως. […] και αποτελείται από δύο καθηγητές ΑΕΙ, έναν σύμβουλο ή πάρεδρο ΝΣΚ και δύο ανώτερους αξιωματικούς».
Η προσωπική συνέντευξη ως μέσο διαπίστωσης λόγων συνείδησης είναι αυτή καθ’ εαυτήν αμφιλεγόμενη, στο μέτρο που υπάγει το ενδιάθετο φρόνημα σε έλεγχο ειλικρίνειας. Καθίσταται όμως ακόμη περισσότερο ανησυχητική τόσο εξαιτίας προβλημάτων στη συγκρότηση και τη λειτουργία της επιτροπής (συχνή απουσία των μη στρατιωτικών, ελλιπής αιτιολόγηση), όπως αυτά προκύπτουν από σειρά σχετικών αναφορών, όσο και εξαιτίας μιας πάγιας πρακτικής άνισης μεταχείρισης: ενώ για τους λεγόμενους «θρησκευτικούς» αντιρρησίες η επιτροπή αρκείται στην προσκόμιση πιστοποιητικού της οικείας θρησκευτικής κοινότητας και δεν τους καλεί καν σε συνέντευξη, οι λεγόμενοι «ιδεολογικοί» αντιρρησίες συχνά καλούνται να απαντήσουν σε ερωτήσεις που άπτονται ευαίσθητων προσωπικών δεδομένων, όπως η ένταξη σε συγκεκριμένο πολιτικό χώρο (υποθέσεις 165151, 167596, 168243/2013).